刘若金发现，《本草纲目》记录了1892种药材，很大的一部分是临床上用不到的。李时珍取材宏博，更多的是文献的汇总和百科全书式的罗列。李时珍渊博是够渊博了，但是并不能从认识论的高度，用成体系的方法来解读本草之“物性”。
那什么是“物性”呢？好比说，麻黄这个药可以发汗，如果医家用它来发汗，那当然是对的，这便是知其然。但是为什么麻黄能发汗？“为什么？”就属于是“物之性”，也就是知其所以然了。
医学家若是学会了认知“物性”的本事，也就等于打开了本草之门，从此以后，不只是低层次的筛选药物，而是居高临下的调遣本草百味。就好比“独孤九剑”的无招胜有招一样，不再关心药物的功能主治，进入到了一种以心驭药的境界。从枯躁的技术领域一跃进入艺术的范畴。
用全新的视角来解读本草，刘若金想到的是一条前人不曾走过的路。当然，做为国家官员的他，此时还有诸多的公务，他并没有更多的时间去实现重修本草的愿望。
在浦城干了几年，刘若金被调到南京担任吏部主事，不久又被提拔为吏部郎中。没过多久，又被安排到地方上担任淮海兵备佥事（用现在的话讲，相当于淮海军分区司令）。这个时候的天下流寇四起，大明王朝如同秋风中的枯叶，摇摇欲坠了。而刘若金治下的部队，粮饷缺乏，将劣兵骄，几不堪用。刘若金到任后，擢将才，清冒领，剔厘训练。部队的风气为之一变，以致流寇闻之丧胆，不敢犯境。当地的河道堤防年久失修，刘若金发现了这一情况，居然自己研究起水利方面的学问来，接下来便是疏浚河道，加固堤防。当地的百姓为了纪念他，就把他主持修筑的河堤称为“刘兵宪堤”。
所谓“木秀于林，风必摧之。”这样的一个人才，政绩太优越了。于是乎引起了朝庭当权的一些小人的妒忌，妒忌的后果便是，你也别在部队呆着了，你太累了，回家休息休息。于是刘若金很郁闷的回了老家。
1644年三月，李自成攻克北京，崇祯皇帝自尽，四月，吴三桂引清兵入关。五月，福王朱由崧于南京建立弘光政权，史称南明。1645年五月，南京降清，弘光政权覆灭。闰六月，唐王朱聿键于福州称帝，改年号为隆武。
隆武帝是南明史上最有抱负，最有能力的一个皇帝。朱聿键继位以后，开始整顿吏治。很自然的就想到了名满八闽的刘若金，于是下诏，让刘若金回福建任职，不几月，就提为刑部尚书（与他老爹同一级别了）。当时的隆武政权，军队主要掌握在权臣郑芝龙（郑成功的老爹）的手里。隆武帝虽有才干，但在军事战略方针上受到郑芝龙的诸多挟制。在南明朝庭身居高位的刘若金日渐感到国事之不可为，于是下定决心辞官回家。而就在他归隐后不久，郑芝龙出卖隆武帝降清，朱聿键被擒后绝食自尽，隆武政权覆灭。
消息传到潜江老家，刘若金悲愤难当。于是决定杜门谢客，远离宦海。将自家命为蠡园，把自己的书房叫做“喟然轩”，自号“蠡园逸叟”。连在一起的意思就是，“我是一个同范蠡一样，看不到国家前途，不能对局势有所帮助，只能躲在自家书房叹气的糟老头子”。其中的痛苦与无奈，虽过去三百余年，仍让史书前的我感概不已。
当然，凡事有利有弊，要是南明不覆灭，刘若金一直当他的刑部尚书，我们也就看不到这本发煌古义的《本草述》了。离群索居的老头子，一头扎进了本草学的海洋中，他将用人生剩下的三十年，还原古典本草的真实面目。
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